Arata együtt él az unokatestvérével, aki egyben a gyerekkori barátja is, Hijiri. Az egyik reggel iskolába menet Arata arra lesz figyelmes, hogy a nap befeketedett, nem tudja eldönteni, hogy mindig is fekete volt-e vagy valamilyen különös oka van a jelenségnek. Ezen a reggelen találkozik egy titokzatos lánnyal, Asami Lilith-el is. Kiderül, hogy három napja egy gravitációs hullám csapott le a városra, ahol éltek, ami lerombolta az egész várost. Ennek hatására Hijiri. eltűnt, és azóta Arata az általa tudtán kívül létrehozott világban élt.